Sulla base delle indicazioni di storici e geografi pare che Pietraperzia abbia avuto origine da una antichissima colonia greca in Sicilia chiamata Caulonia. Pietraperzia deve alla dominazione saracena sia il nome che la sua prosperità.
A partire dal 1091 la Sicilia era stata sottomessa definitivamente dai Normanni i quali favorirono la divulgazione della fede cristiana che in breve prese il sopravvento su quella musulmana e si ritornò alle antiche consuetudini, precedenti l’invasione saracena. La tradizione narra che in quel periodo un muto viandante trovò in una contrada chiamata "La Cava", l’immagine murale della Madonna, ricevendone in dono la favella. Da quel giorno gli abitanti del luogo assunsero la Madonna come patrona principale di Pietraperzia e da allora ogni 14 e 15 Agosto dell'anno hanno luogo festeggiamenti in onore della Madonna che venne chiamata appunto Madonna della Cava. Epoca aurea per Pietraperzia si può considerare il secolo sedicesimo quando i Barresi baroni della città assursero prima alla dignità di marchesi con Matteo III Barresi, il fondatore di Barrafranca (1529), e poi di principi con Pietro Barresi (1564). II castello di Pietraperzia loro abitazione diventò allora ambìto ritrovo di gente amante della cultura e della politica.
La sorella di Pietro, Dorotea Barresi, fu viceregina di Napoli avendo sposato in terze nozze il viceré di Napoli, Giovanni Zunica. Con Pietro e Dorotea si estinse la dinastia dei Barresi, come signori di Pietraperzia, e subentrò quella dei Branciforte. Il primo marito di Dorotea era stato, infatti, Giovanni Branciforte, conte di Mazzarino, da cui era nato Fabrizio.
Con la nuova dinastia cominciò per Pietraperzia un lento decadimento culturale che solo la presenza dei diversi ordini religiosi (Domenicani, frati Minori Francescani, Agostiniani, Carmelitani, Terz’Ordine Francescano), oltre che dei sacerdoti diocesani, riuscì a rintuzzare e a superare.
Grave fu, invece, la crisi sociale che investì la città, culminando nella tragica costituzione di una banda armata da parte di Antonino Di Blasi, inteso Testalonga, il quale creò, in poco più di due anni di banditismo (1765-1767), un’esteso clima di terrore in tutta la Sicilia. Ricatti e sequestri furono le armi più usate per colpire potenti e ricchi commercianti. Preso, dopo una spiata, venne impiccato a Mussomeli.
Il moto rivoluzionario siciliano che investì la Sicilia nel 1848-49 coinvolse anche Pietraperzia. L’attività insurrezionale venne appoggiata dai notabili del paese anche con cospicue offerte in denaro. Nel 1860, durante la liberazione della Sicilia da parte delle truppe garibaldine, il generale Afan De Rivera, comandante di una pattuglia dell’esercito borbonico in ritirata, passando per Pietraperzia, trovando inalberata sulla torre del Castello la bandiera tricolore e ritenendolo un grave affronto ordinò ai suoi soldati di far fuoco sui civili causando la morte di parecchi i cittadini inermi.

Due anni dopo (1862) le forze progressiste pietrine costituirono una sezione della "Società Unitaria" di ispirazione garibaldina che aveva la sua sede centrale a Palermo. Essa aveva come scopo di appoggiare le iniziative garibaldine tese a liberare i territori di Roma e Venezia, che ancora non facevano parte dell’Italia. A tal proposito promossero la venuta di Garibaldi a Pietraperzia; cosa che avvenne nell’Agosto del ’1862 con grande entusiasmo di molti Pietrini.
Ma l’unita d’Italia non costituì la sperata soluzione dei problemi economici e sociali del popolo siciliano. Leggi esose e amministratori poco avveduti prepararono ciecamente la rivolta dei Fasci dei Lavoratori di ispirazione socialista. Un contributo di morti notevole diede Pietraperzia nel periodo in cui avvennero le sollevazioni più gravi. Il 1° Gennaio 1894 il popolo, non sopportando più i dazi cui erano sottoposti i prodotti dei campi, dopo le parole infuocate di un sacerdote nella Chiesa Madre, si diresse con veemenza verso la Piazza Centrale e affrontata dalla polizia che sparò sulla folla pagò a caro prezzo la rivolta con la morte di otto persone.
La repressione statale successiva alienò completamente l’animo dei poveri verso la visione di un’Italia unita e libera. I bisogni spinsero molti ad abbandonare i loro paesi di origine e ad emigrare verso le Americhe, in particolare verso gli Stati Uniti.
Nel 1926 Pietraperzia entrò a far parte della nuova provincia di Enna, lasciandosi alle spalle il lungo legame politico e culturale con la provincia di Caltanissetta.